固定相为离子交换树脂常使用苯乙烯与二乙烯交联而形成的聚合物骨架，在表面的未端芳环上接上羧基、或称阳离子交换树脂与季氨基或称阴离子交换树脂。色谱仪中被分离的试样样品组分在色谱柱上以及分离原理在树脂上的电离离子，它们都与流动相中具有相同电荷离子及被测试样样品组分的离子进行可逆交换。根据各离子之间交换的基团具有不同的电荷吸引力而被分离。
缓冲液常被用为液相色谱仪离子交换色谱法的流动相。被分离试样样品组分在离子交换柱中的保留时间除与组分离子和树脂离子交换基团作用强弱有关系外，它还会受流动相的pH值与离子强度的影响。pH值可以改变化合物的解离程度进而影响其对固定相的作用。流动相的盐浓度越大则离子强度越高，其不利于试样样品的解离，会导致试样样品较快流出。
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